Une prairie arrosée est rapidement prête à être fauchée, si bien que le moment de la coupe peut être avancé. Les nouvelles techniques de récolte, particulièrement l’ensilage, deviennent possibles et une fauche supplémentaire peut être envisagée. Les conséquences négatives sont les suivantes :
- Destruction de nids, avec oeufs ou jeunes, d’oiseaux prairiaux nicheurs au sol (particulièrement cailles des blés, râles des genêts, alouettes des champs, tariers des prés), à cause d’une fauche précoce.
- Diminution de la nourriture de base (insectes, en particulier les gros insectes et les fourmis des prés) pour les nicheurs des prairies de fauche, des structures et milieux environnants.
- Démantèlement des réseaux d’habitats pour les organismes xérophiles et thermophiles.
Comme beaucoup d’exemples le montrent, une planification ou une mise en place sommaire d’un système d’arrosage touche non seulement les surfaces cibles, à savoir les prés de fauche, mais aussi les structures environnantes et les marges de réserves ( empilements de pierres sèches, murs, haies, prairies sèches et steppiques). Ceci ne menace pas que les nichées qui s’y trouvent mais aussi des insectes, des reptiles et des plantes protégées, dépossédés de leur habitat.
Un autre problème, bien que non prioritaire pour la protection des oiseaux, concerne les prélèvements d’eau illégaux dans les rivières en période d’étiage. Selon le degré de prélèvement, l’habitat de la faune aquatique est altéré ou détruit. Le régime hydrique des zones humides dépendant d’un cours d’eau peut aussi être perturbé.