Durch Bewässerung wird eine Wiese schneller schnittreif, der Schnittzeitpunkt kann vorverschoben werden. Neue Erntetechniken, insbesondere die Silage, werden möglich, eventuell kann sogar ein Schnitt mehr geerntet werden. Negative Folgen davon sind:
- Zerstören von mit Eiern oder Jungen besetzten Nestern der in Wiesen brütenden Vogelarten (insbesondere Wachtel, Wachtelkönig, Feldlerche, Braunkehlchen) durch frühes Ausmähen.
- Schmälerung der Nahrungsbasis (Insekten, insbesondere Grossinsekten und Wiesenameisen) für die Brutvögel der Heuwiesen und der umliegenden Strukturen und Biotope
- Auflösung des Lebensraumverbunds für xero-/ thermophile Organismen
Bei unsorgfältiger Planung oder Bewässerungspraxis werden, wie mehrere Beispiele zeigen, nicht nur die Zielflächen, nämlich die Heuwiesen, sondern auch umliegende Strukturen und Randzonen von Naturschutzflächen (Steinriegel, Mauern, Hecken, Trockenwiesen, Felsensteppen) bewässert. Dadurch werden nicht nur darin befindliche Bruten von Vögeln beeinträchtigt, sondern auch geschützte Insekten-, Reptilien-, und Pflanzenarten werden ihres Lebensraums beraubt.
Ein weiteres, allerdings nicht primär den Vogelschutz betreffendes Problem, sind illegale Wasserentnahmen aus kleinen Fliessgewässern zu Zeiten mit geringer Wasserführung. Der Lebensraum der Gewässerfauna wird dadurch je nach Ausmass beeinträchtigt oder vernichtet. Auch der Wasserhaushalt der von Gewässern abhängigen Feuchtgebiete kann dadurch gestört werden.