La majorité des cormorans exploitent les populations de poissons des lacs. Leur influence sur l’évolution des effectifs de poissons dans les lacs n’a pas été démontrée scientifiquement. Dans les fleuves, des espèces menacées, comme l’ombre, figurent parmi les poissons consommés par les cormorans. Les ombres sont menacées au niveau européen, leurs habitats sont en mauvais état. On ne peut exclure que, sur certains segments de cours d’eau, les cormorans constituent un préjudice supplémentaire à l’encontre des populations d’ombres, car, du fait de sa taille, le cormoran est capable d’attraper des poissons adultes ayant atteint leur maturité sexuelle.
En 1995, Confédération, cantons, organismes de pêche et de protection de la nature ont élaboré, avec la participation de l’EAWAG et de la Station ornithologique, un plan de mesures qui a été révisé en 2005. Il est basé sur le principe suivant: effaroucher les cormorans sur les fleuves afin de protéger les ombres, mais ne pas intervenir sur les lacs. Il existe un problème spécifique aux lacs, à savoir les éventuels dégâts provoqués aux filets des pêcheurs professionnels, qui ne sont pas indemnisés par la Confédération et les cantons. Ces dégâts sont considérés comme graves par les pêcheurs, surtout en été. Ils réclament donc une régulations des effectifs de cormorans dans les colonies nicheuses, en particulier au Fanel.