La maggior parte dei cormorani si nutre sui laghi. Un influsso sullo sviluppo degli effettivi dei pesci nei laghi non ha potuto essere dimostrato scientificamente. Lungo i fiumi, i cormorani catturano anche specie ittiche minacciate, tra cui il Temolo, minacciato a livello europeo a causa delle cattive condizioni dei suoi habitat. Lungo alcuni tratti di fiume, non può essere esclusa un’ulteriore messa in pericolo delle popolazioni di Temolo da parte dei cormorani che, date le loro dimensioni, sono in grado di catturare pesci adulti pronti a deporre le uova.
Nel 1995 Confederazione e Cantoni, organizzazioni per la pesca e la protezione della natura hanno sviluppato, con la collaborazione delle istituzioni scientifiche EAWAG e Stazione ornitologica, un piano di misure, rivisto nel 2005. Quest’ultimo si basa sul principio di allontanare il Cormorano con misure dissuasive dai fiumi ma di non intervenire sui laghi. Su questi ultimi un particolare problema è rappresentato da occasionali danni alle reti dei pescatori professionisti, che non vengono indennizzati da Confederazione e Cantoni. Soprattutto in estate, questi danni sono considerati gravi dai pescatori professionisti. I rappresentanti degli ambienti della pesca chiedono quindi una regolazione degli effettivi di Cormorano nelle colonie di nidificazione, in particolare al Fanel.