Die meisten Kormorane nutzen die Fischbestände der Seen. Ein Einfluss auf die Bestandsentwicklung von Fischbeständen in Seen konnte wissenschaftlich nicht nachgewiesen werden. An Flüssen gehören auch gefährdete Fischarten, darunter die Äsche, zu den vom Kormoran erbeuteten Fischen. Die Äsche ist europaweit gefährdet, ihre Lebensräume sind in einem schlechten Zustand. Eine zusätzliche Beeinträchtigung der Äschenpopulationen durch Kormorane ist an einzelnen Gewässerabschnitten nicht auszuschliessen, da der Kormoran aufgrund seiner Grösse in der Lage ist, adulte, laichreife Fische zu erbeuten.
Bund, Kantone, Fischerei- und Naturschutzorganisationen, unter Beteiligung der wissenschaftlichen Institutionen EAWAG und Vogelwarte, erarbeiteten 1995 einen Massnahmenplan, der 2005 revidiert wurde. Er basiert auf dem Prinzip, die Kormorane zum Schutz der Äsche an den Flüssen zu vergrämen, an den Seen hingegen nicht einzugreifen. Ein spezielles Problem an den Seen betrifft allfällige Schäden an den Netzen der Berufsfischer, die von Bund und Kantonen nicht vergütet werden. Diese Schäden werden von Berufsfischern vor allem im Sommer als gravierend erachtet. Von Fischereiseite bestehen deshalb Forderungen nach einer Bestandsregulation der Kormorane in den Brutkolonien, insbesondere am Fanel.