Leur capacité à voler fait des oiseaux un groupe bien plus mobile que d’autres. Parvenir à un panorama de leurs allées et venues demande à l’équipe de coordination de la Station un effort conséquent tout au long de l’année. Grâce à quelque 5000 personnes actives sur ornitho.ch, aux recensements d’oiseaux d’eau sur plus de 300 secteurs, et aux stations de baguage situées en zones humides ou sur des cols alpins, la présence des oiseaux hivernants et des migrateurs de passage est aujourd’hui très bien documentée.
En revanche, le suivi de nos quelque 180 espèces nicheuses régulières requiert plus d’efforts. Actuellement, on dispose de chiffres pour 176 espèces, la plupart depuis 1990. La pièce maîtresse de ce suivi est le monitoring des oiseaux nicheurs répandus (MONiR), qui recense depuis 1999 les effectifs des espèces fréquentes et répandues – principalement des passereaux – sur 267 carrés kilométriques dans toute la Suisse. Ce dispositif est complété par des relevés du monitoring national de la biodiversité (MBD) qui a lieu tous les 5 ans sur 500 carrés kilométriques.
En collaboration avec des partenaires locaux, des groupes de travail et des spécialistes d’espèces, la Station mène également des recensements dans environ 100 zones humides (MZH), dans des habitats spécifiques, sur des places d’armes et dans des parcs. Elle organise par ailleurs les recensements des nicheurs en colonies et des relevés spécifiques – par exemple des nocturnes ou des nicheurs en falaises (monitoring des espèces particulières).