À l’époque déjà, Alfred Schifferli accordait une grande importance à l’interaction entre la recherche et la pratique, ainsi qu’à la collaboration avec d’autres acteurs : « Les connaissances tirées de la recherche sur la migration, la faunistique, l’écologie et les enseignements de recherches effectuées à l’étranger doivent pouvoir être utilisés pour résoudre les problèmes auxquels s’attelle l’ornithologie appliquée. Il est en outre nécessaire d’entretenir des contacts étroits avec les agriculteurs, les chasseurs et les acteurs de la protection des oiseaux et de la nature. Il faut donc saluer le fait que l’ornithologie appliquée puisse se consacrer à ses missions sous le même toit que la recherche scientifique dans le cadre d’une étroite collaboration, comme à la Station ornithologique, où un nouveau département lui est dédié. »
Les activités en matière de protection des oiseaux s’appuient sur une combinaison d’approche conceptuelle,d’opportunités et de réactions aux besoins politiques ou sociaux. Jusqu’aux années 1960, la protection des zones humides était prioritaire. La forte baisse des effectifs d’oiseaux dans les zones agricoles est devenue ensuite une priorité et le reste encore aujourd’hui.
En tant qu’institution spécialisée prenant appui sur un fondement scientifique, la Station ornithologique a toujours recherché le dialogue avec les différents acteurs. Dans la mesure du possible, elle a examiné les succès ou les échecs de ses projets au moyen de contrôles de mise en oeuvre et d’efficacité, bien que cela n’ait souvent pas été prévu ni financé dans le cadre des mandats.
Le contexte, les mesures engagées et leur succès ont été très variables selon l’espèce. Pour certaines d’entre elles, les mesures de conservation mises en oeuvre ont porté leurs fruits grâce aux connaissances déjà disponibles (faucon crécerelle). Pour d’autres, la connaissance de leur écologie était insuffisante au début (engoulevent d’Europe) et le succès n’est venu que lorsque la recherche a pu combler son retard (grand tétras). Pour d’autres espèces, nous avons étudié leurs exigences écologiques avant de mettre en place des mesures de protection (pouillot siffleur), dont certaines ont été constamment améliorées par des recherches menées parallèlement (vanneau huppé). Souvent, il a fallu tester sur le terrain la faisabilité des mesures élaborées à partir des connaissances écologiques disponibles (tarier des prés).
La Station ornithologique s’engageant à la fois pour l’étude et la protection des oiseaux, ses mesures de conservation sont étayées scientifiquement. Nombre d’entre elles s’appuient sur les résultats de ses propres recherches. Le fossé tant déploré entre connaissances scientifiques et application pratique est ainsi comblé.