Dès le début, la recherche sur les oiseaux migrateurs fut l’une des missions principales de la Station ornithologique. Elle reprit la fonction de la « Station centrale suisse d’essais de baguage ». Cela revenait d’une part à distribuer et gérer les bagues et d’autre part à baguer les oiseaux, travail auquel Alfred Schifferli se consacra lui-même sans relâche. En 1925, 408 oiseaux, soit environ 25 % des oiseaux bagués de Suisse le furent à la Station ornithologique.
À l’automne 1927, Alfred Schifferli et son épouse partirent en voyage à Heligoland, où Rudolf Drost, directeur de la Station ornithologique locale, leur montra comment capturer des oiseaux à l’aide de nasses. En octobre 1931 et fin septembre 1932, ils eurent tous deux l’occasion de visiter, dans la ville de Salò, l’Osservatorio ornitologico del Garda, une station de capture utilisée notamment par l’université de Bologne. En 1929, la Station ornithologique suisse figurait déjà dans un répértoire des centrales de baguage européennes.
Les oiseaux étaient souvent capturés la nuit depuis des barques. Chez les hirondelles, la capture se déroulait sans encombre la nuit pendant leur sommeil, mais le succès fut plus limité au début chez les étourneaux sansonnets, qui étaient éveillés. Ces actions n’étaient pas toujours sans danger, ce qu’Alfred Schifferli décrivit ainsi : « Comme les années précédentes, les embarcations du château du Wartensee et du pêcheur de Sempach étaient à notre disposition. Presque à toute heure du jour, mais surtout de la nuit, nous faisions usage de ces véhicules fiables. Une nuit où nous étions sur le chemin du retour vers minuit et le vent nous surprit, nous fûmes ravis de disposer de sa troisième rame, qui rendit un peu moins désagréable notre atterrissage forcé par la tempête dans une roselière dense, surtout pour la femme et les enfants parmi nous. »
La première capture à Sempach d’un oiseau déjà bagué ailleurs eu lieu le 24 octobre 1929. Il s’agissait d’un étourneau sansonnet bagué le 29 mai de la même année à Halle-sur-Saale, dans le Land actuel de Saxe-Anhalt (Allemagne).