La ricerca sulla migrazione degli uccelli è stata fin dall’inizio uno dei compiti principali della Stazione ornitologica, che assunse la funzione di «Stazione centrale svizzera per gli esperimenti di inanellamento». Da un lato, ciò significava la consegna e la gestione degli anelli, dall’altro lo stesso Alfred Schifferli si dedicò molto intensamente all’inanellamento degli uccelli. Nel 1925, 408 uccelli, pari a circa il 25 % di tutti gli uccelli inanellati in Svizzera, furono marcati presso la Stazione ornitologica.
Nell’autunno del 1927, Alfred Schifferli e sua moglie si recarono a Helgoland, dove Rudolf Drost, il direttore della Stazione ornitologica locale, mostrò loro come catturare gli uccelli con reti simili a nasse. Nell’ottobre del 1931 e alla fine di settembre del 1932 i due poterono visitare l’Osservatorio ornitologico del Garda di Salò, un impianto di cattura gestito in parte dall’Università di Bologna. Già nel 1929 la Stazione ornitologica svizzera era elencata in una panoramica delle centrali di inanellamento europee.
Spesso si catturava di notte da una barca a remi. Nel caso delle rondini, nei loro dormitori notturni questo funzionava bene, mentre all’inizio funzionava meno per gli storni a causa della loro vigilanza. Queste azioni non erano sempre del tutto prive di pericoli e Alfred Schifferli lo descriveva così: «Come negli anni precedenti, avevamo sempre a disposizione le barche del castello di Wartensee e del pescatore di Sempach. Utilizzavamo questi mezzi affidabili in quasi tutte le ore del giorno, ma ancora di più di notte. Quando una volta, verso mezzanotte, il vento ci ha sorpreso inaspettatamente mentre tornavamo a casa, siamo stati molto contenti del loro terzo remo, che ha reso un po’ meno spiacevole l’approdo forzato tra i fitti canneti a causa della tempesta, soprattutto per mia moglie e i nostri figli».
Il 24 ottobre 1929, per la prima volta un uccello già inanellato altrove fu catturato a Sempach. Si trattava di uno storno che il 29 maggio dello stesso anno aveva ricevuto il suo anello a Halle an der Saale, in quello che oggi è il Land della Sassonia-Anhalt.