Il fait également preuve d’adaptabilité dans son comportement migratoire. Dans le passé, tous les milans royaux suisses migraient en automne vers la péninsule Ibérique pour y passer l’hiver. Grâce à de nombreux oiseaux équipés de GPS, la Station ornithologique suisse a pu montrer que la plupart des jeunes oiseaux migrent encore vers le sud-ouest, mais que plus les oiseaux sont âgés, plus ils ont tendance à rester en Suisse. Actuellement, environ la moitié des milans royaux suisses y restent pour l’hiver. Un nombre considérable de ces oiseaux se rassemblent le soir dans des dortoirs communs, qui peuvent compter plus de 100 individus.
Malgré l’augmentation de sa population, le milan royal est toujours exposé à de nombreux dangers : les collisions et les décès par électrocution sur les lignes à haute tension qui ne sont pas construites de manière à respecter les oiseaux se répètent. Il n’est pas non plus à l’abri des empoisonnements et des tirs illégaux. Même si le milan royal se porte actuellement bien en Suisse, la Station ornithologique s’efforce de réduire ces causes de danger.