In der Schweiz nutzen die meisten Kormorane die Fischbestände der Seen. Auch wenn über den Einfluss oft Uneinigkeit besteht, konnte ein Einfluss auf die Bestandsentwicklung von Fischbeständen in grösseren Seen wissenschaftlich bisher nicht nachgewiesen werden.
An Flüssen, wo gefährdete Fischarten vorkommen (z. B. die Äsche), kann eine durch andere Faktoren gefährdete Fischpopulationen durch Kormorane zusätzlich beeinträchtigt werden.
Auch in Fischzuchten, Kleingewässern und begradigten Gewässern kann der Kormoran den Fischbestand merklich reduzieren, da die Fische hier wenig Versteckmöglichkeiten vorfinden.