Am Anfang des 19. Jahrhunderts war der Schwarzmilan eine noch seltene Art in der Schweiz. Erst in den 1930er Jahren profitierte er von Schutzgesetzen, was eine Zunahme ermöglichte, die sich in den 1950er Jahren dank des durch Eutrophierung verursachten Überflusses an Weissfischen in Schweizer Gewässern fortsetzte. Die Verbesserung der Wasserqualität in den 1970er Jahren schränkte die Nahrungsressourcen der Art ein, wodurch sich die Bestände bei 2000 bis 3000 Brutpaaren stabilisierten.
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