Unbestritten ist der thermische Effekt von hochfrequenter elektromagnetischer Strahlung. Die Strahlungsenergie wird beim Auftreffen auf biologisches Gewebe zum Teil in thermische Energie umgewandelt und das Gewebe wird dadurch erwärmt – genau das passiert in einem Mikrowellenofen. Für Vögel wird dieser thermische Effekt dann zum Problem, wenn sie in unmittelbarer Nähe zu starken Hochfrequenzsendern brüten. Für Embryonen und Nestlinge ist eine Erhöhung der Körpertemperatur nämlich besonders kritisch. Das Innere von Kirchtürmen gilt heute als idealer Standort für Mobilfunkantennen: Sie stehen oftmals mitten im bewohnten Gebiet und die Antennen bleiben von aussen unsichtbar. Werden solche Türme aber gleichzeitig von Gebäudebrütern wie Dohlen oder Seglern genutzt, die hier seit Generationen ideale Brutstandorte finden, sind negative Auswirkungen auf die Bruten sehr wahrscheinlich.
Ebenfalls zweifelsfrei nachgewiesen ist die Beeinflussung des Magnetkompasses der Vögel durch elektromagnetische Strahlung. Forschende der Universität Oldenburg konnten zeigen, dass dies nicht nur unter experimentellen Bedingungen im Labor vorkommen kann, sondern auch unter realen Bedingungen. Ob und wie stark Vögel auf dem Zug durch Elektrosmog bei der Navigation beeinträchtigt werden, ist dennoch unklar. Einerseits können Vögel auch andere Mechanismen zur Orientierung nutzen und andererseits weiss man nicht, wie stark ziehende Vögel störendem Elektrosmog ausgesetzt sind.
Unter Laborbedingungen konnten bei Vögeln weitere sogenannte nichtthermische Effekte nachgewiesen werden, wie etwa die Bildung von Stresshormonen oder die Beeinflussung des Melatoninhaushalts, der unter anderem für den Schlaf-Wach-Rhythmus zuständig ist. Ebenfalls im Labor führten niederfrequente magnetische Felder, wie sie in erster Linie von Hochspannungsleitungen verursacht werden, bei bestimmten genetischen Varianten von Hühnerembryonen zu erhöhten Missbildungsraten und Embryonalsterblichkeit. Diese im Labor gefundenen Erkenntnisse lassen sich aber nicht einfach so auf die Situation im Freiland übertragen, denn es gibt dazu bisher nur wenige Studien und deren Resultate sind insgesamt widersprüchlich. Hier bestehen noch erhebliche Wissenslücken.