Auch bei der Vogelfütterung ist Hygiene angezeigt. Eine wichtige Rolle spielt dabei die Auswahl eines passenden Futterhauses. Da es Krankheitserreger gibt, welche mit dem Kot von Vogel zu Vogel übertragen werden können, darf der Kot nicht in Kontakt mit dem Futter kommen. Es empfehlen sich daher vor allem Futterhäuser mit schmalen Krippen oder säulenförmige Futterautomaten. Das Gemisch aus Körnerresten und Kot, welches unter Futterhäusern jeweils anfällt, sollte regelmässig weggeräumt werden.
Wenn sich Vögel an einer Futterstelle versammeln, bleibt dies auch den Fressfeinden wie beispielsweise Katzen nicht verborgen. Damit die gut gemeinte Fütterung nicht zur Henkersmahlzeit wird, sollte die Futterstelle an einem übersichtlichen Ort platziert sein. Dennoch sind Zufluchtsorte wie Sträucher oder Bäume in der Nähe der Futterstelle wichtig, dies allerdings mit einem Abstand von ca. 2 bis 5 Metern, sodass die Übersicht gewährleistet ist.